Orpiment, murex, azurite, cochenille, porphyre, curcuma...broyés, en décoction, mêlés à l'eau de gomme d'arabique ou à la colle de peau de poisson. Tout cela semble sortir d'un livre d'alchimie. Le commerce des pigments florissant dès l'Antiquité contribue à la variété des couleurs présentes sur les manuscrits.
Toutes les couleurs ont une origine soit végétale, soit minérale soit animale : - les rouges, cramoisi ou vermillon, sont obtenus à partir d'oxyde de plomb, de cinabre, de kermès rouge, de murex... - les bleus offrent de nombreuses nuances selon l'origine ; le lapis-lazuli, pierre semi-précieuse provenant d'Asie centrale, est le plus apprécié mais aussi le plus cher d'entre tous ; ce bleu outremer est d'un éclat particulièrement profond ; du fait de sa rareté, on le réserve aux éléments les plus importants comme la robe de la Vierge. - les jaunes proviennent du safran, de la sève de chélidoine, de l'orpiment. - les verts sont extraits de la malachite, du vert-de-gris, de l'argile verte... - le blanc vient de la céruse, très toxique et fabriquée à partir du plomb.
Pour être utilisables en tant que couleurs, les matières premières sont sujettes à une longue préparation : réduites en poudre très fine à l'aide de mortier et de pilon puis filtrées au travers d'un tissu, elles peuvent enfin être mêlées à un liant pour obtenir les diverses peintures.